Должна ли компания платить авансовые платежи в течении года по УСН, если по итогу года у нее убыток?

Должна ли компания платить авансовые платежи в течении года по УСН, если по итогу года у нее убыток?

Да, платить авансы все равно нужно, т.к. итог ведь считается за год.
Если организация не перечислит авансовый платеж своевременно, инспекция начислит пени. Оштрафовать организацию могут только за неуплату (неполную уплату) налога по итогам года. На сумму неуплаченных авансовых платежей штрафы не начисляют (п. 3 ст. 58 НК РФ).
Если организация перечислит авансовый платеж, а по итогам года снова получит убыток, сумму авансового платежа можно будет зачесть в счет уплаты минимального налога. Если между авансовыми платежами, фактически перечисленными в бюджет, и суммой минимального налога будет положительная разница, переплату можно будет вернуть или зачесть в порядке, предусмотренном пунктом 4 статьи 78 Налогового кодекса РФ.
Если же сумма фактически перечисленных авансовых платежей будет меньше минимального налога, разницу придется доплатить.